Для обеспечения эффективного контроля за деятельностью проекта в соответствии с планом работы разработана система управления, основанная на распределении обязанностей. В соответствии с этой системой, проект управляется Координационным Советом, в который входят соруководители проекта, национальные и региональные координаторы, а также редакционный и образовательный советы.
Национальные координаторы организуют пленарные конференции, полевые экскурсии и летние школы.
Региональные координаторы собирают данные в пределах их регионов.
Редакционный совет редактирует материалы конференций, путеводители полевых экскурсий и заключительную монографию.
Образовательный совет готовит дидактические материалы и вместе с национальными координаторами организует летние школы.
Структура Координационного Совета:
1. отражает широкую географию участников проекта,
2. обеспечивает согласование научной, административной и финансовой координации между ними,
3. информирует Секретариат МПГК о текущей работе,
4. обеспечивает баланс между принятиями стратегических решений «сверху вниз» и «снизу вверх»,
5. распределяет поток информации о ходе научных исследований между участниками проекта (с помощью электронной почты и вебсайтов) и знакомит с новыми публикациями по теме проекта,
6. обеспечивает пропорциональное участие ученых из развивающихся и развитых стран, в том числе и по половому признаку,
7. занимается поиском дополнительных источников финансирования,
8. разрабатывает научно-исследовательские проекты для Восьмой Европейской рамочной программы, Европейского научного фонда и т.д.
Каждый региональный координатор формирует двенадцать скоординированных между собой рабочих групп (РГ), покрывающих все задачи проекта.